새로운 뉴질랜드의 국기에 대한 논의가 되고 있는 가운데 오타고 지역은 노란색과 파란색이 섞인 지역의 깃발에 자긍심을 가지고 있다.  넬슨 지역을 별도로 하고 오타고는 공식적인 깃발을 가진 유일한 지역이다.

뉴질랜드 국기연합은 모든 지역에서 자신들만의 고유성을 나타내는 깃발을 가져야 한다고 지지하며 캐나다와 미국, 호주를 보아도 모두 고유한 지역의 공식 깃발을 가지고 있다고 말했다. 

원래 모든 종류의 깃발들이 오타고를 상징하고 있었으나 2004년 공개 모집에서 노란색과 파란색이 섞인 현재의 깃발이 선택되었다. 

지역 주민은 파란 하늘과 황금 언덕은 영화로운 역사를 상징하며 두 개의 8각형 별 중 하나는 태양을 다른 하나는 거대한 수로인 호수를 상징한다고 설명했다.  또한 더니든 카운실은 깃발은 지역의 정체성이라고 말했다.

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