둘 다 가져가시되 입국시 사용하신 여권으로 돌아오셔야 할꺼에요. 한국 여권으로 한국 일본 다녀오셔도 아무 문제 없습니다.

이것은 저 개인적인 경험과 지식으로 말씀드리는것이니 참고만 하시고 결정은 본인 스스로 하시기를 바랍니다.
복수국적 (말 그대로 국적이 2개로, 나라별 여권이 2개인 경우) 를 인정하는지, 않 하는지는 나라마다 다르기 때문에 논외로 하기로 하고, 한국은 원칙적으로 복수국적을 인정하지 않는 나라입니다. 다만 65세 이상자의 2중국적을 예외적으로 인정하고는 있습니다. 한국여권을 갖고 있는 사람이 외국시민권을 취득하여 외국여권을 취득한 경우에는 외국시민권을 취득한 날로부터 자동적으로 한국국적이 상실된것으로 간주합니다.

비록 한국 국적 상실신고를 하지 않아 한국국적이 살아있는것처럼 보여 한국여권을 사용가능 하더라도 외국시민권 취득후에는 절대로 사용해서는 않됩니다. 그러나 한국여권을 사용하여 한국을 출입할때 조회가 되지 않아 무사 통과 되었다 해도 출입국 기록이 남아 있어 평생 따라 다닙니다. 

그것이 나중에 발각되면 어마무시한 벌금과 불이익이 있게 됩니다. 그러므로 65세 이하자들의 이중국적자들은 외국 시민권을 취득한후 한국여권을 사용하여 한국 출입국 하는것은 가능한 피하시고, 않 하시는것이 후에 편안한 일이 될것 같아 보입니다.

원글님 자녀분은 선천적으로 뉴질랜드 시민권을 가진 것으로 보이는데 이 경우 일시적이기는 합니다만 복수국적 가능합니다